" Os últimos marranos de Trás-os-Montes "

Século XV
Em Portugal, a 5 de Dezembro de 1496 o Rei D. Manuel como parte das contrapartidas para casar com Isabel de Aragão, cujos pais (os reis católicos) em 1492 através do decreto de Alhambra haviam expulso os judeus, teve de ter atitude idêntica. Assim, só restavam aos judeus portugueses converterem-se ao cristianismo ou o exílio sob pena de morte.Apesar de não ser uma prática tão disseminada em Portugal como na Europa de Leste Central, há referências a massacres de Judeus, semelhantes aos pogroms, como foi o caso do massacre de Lisboa de 1506, onde centenas de judeus foram assassinados. Posteriormente, com a introdução da Inquisição, outra das condições impostas pelos Reis Católicos para o segundo casamento de Rei D. Manuel com Maria de Castela, a perseguição assumiu contornos mais metódicos e cruéis, com confissões obtidas sob tortura, e os auto de fé para aqueles que fossem descobertos professar em segredo. Entre os perseguidos estiveram os descendentes Pedro Nunes, ou as ossadas de Garcia de Horta, exumadas e queimadas em auto de fé na Índia. Entre os que fugiram para o exilo na Europa do Norte ou a Turquia, estavam os pais de Spinoza ou Manuel Dias Soeiro (Menasseh ben Israel), entre outros. Com o êxodo da comunidade judaica, Portugal viu igualmente desaparecer uma grande quantidade da sua comunidade científica, médica, cultural e empresarial, que como em muitos outros países, teve um papel dinamizador do desenvolvimento. Dessa expulsão beneficiaram as regiões que acolheram os judeus portugueses, como a Holanda ou a Flandres.

Séculos XVI ao XIX
Por esta altura estima-se que houvesse várias comunidades de Marranos que professavam em segredo, e que com o tempo se foram dissolvendo na sociedade, sobretudo nos centros urbanos. No interior, pelo contrário seguiram um de dois caminhos distintos: a assimilação nas populações locais, ou fecharem-se cada vez mais sobre si próprias. Destas últimas, é através das mulheres que a herança judaica é mantida e transmitida, numa curiosa alteração de papéis face ao judaísmo tradicional. As comunidades remanescentes vão acabar por ficar restritas à Beira Interior, vivendo de uma forma geral numa aparente conformidade com os vizinhos cristãos, isto apesar das suspeitas e comentário populares nunca terem deixado de existir.

De modo errado, difundiu-se a ideia de que o termo marrano, que em espanhol hoje significa "porco", demonstrava o sentido ofensivo do termo na sua origem, e que se espalhou pela Península Ibérica para designar os judeus. No entanto, as investigações científicas mais recentes (2009) da Etnologia e da Linguística demonstram que o termo "marrano" provêm do hebraico 'transformado/convertido à força', tendo sido adoptada pela comunidade judaica para referir nos séculos XV, XVI e XVII de uma forma geral os judeus ibéricos, descendentes da Tribo de Judá: a realeza do Judaísmo, de onde descenderá o Messias.

Se todos os Marranos eram Cristão-novos, o oposto não é necessariamente verdade: nem todos os Cristãos-novos eram marranos, pois o termo cristão-novo incluía também os muçulmanos que tinham sido convertidos.